Formation permanente Modélisation Moléculaire 20-22 et 27-29 Septembre 2004

Analyse et positionnement des chaînes latérales:

    1. Analyse comparée des conformations des chaînes latérales de 2 protéines homologues

    Aller sur l'url de SCit

• Analyser les conformations des chaînes latérales de la protéine 1hs6 (charge la molécule, soumettre, et aller au panel des services)
• Dans une autre fenêtre, analyser les conformations des chaînes latérales de la protéine 1gw6A
• Comparer les conformations

    2. Générer un fichier PDB inculant des substitutions dans le fichier 1hs6

• Dans le panel de SCit utiliser la fonction "substitute" pour transformer 1hs6 en 1gw6A (D375N)
  
• Identifier les résidus voisins du site de substitution ç l'aide de l'utilitaire "SC neigbours"
  

  
    3. Positionnement des chaînes latérales
   

• Dans la suite d'outils de SCit, utiliser la facilité de positionnement rapide des chaînes latérales sur la protéine 1hs6

• Positionner avec scwrl:

        aller dans le répertoire de softs/scwrl et lancer scwrl par une commande du genre:
        scwrl -i 1hs6.pdb -o 1hs6-pred.pdb

       Comparer visuellement les conformations "prédites" et obtenues expérimentalement

       Utiliser l'utilitaire de comparaison des conformations de chaînes latérales de SCit
      
    3. Impact de mutations ponctuelles

       Aller sur le site de DFire
       Estimer l'impact de mutations ponctuelles sur le site différent entre 1hs6 et 1gw6A
       Estimer l'impact de mutations ponctuelles sur quelques sites voisins